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Genomica Funzionale

Attività

L’Unità di Genomica Funzionale (FGU) diretta dal professor Roberto Piva, si pone l’obiettivo di identificare gli interruttori molecolari alla base della sopravvivenza delle cellule tumorali e della resistenza ai trattamenti farmacologici in uso, attraverso l’applicazione di screening funzionali su scala genomica. Il laboratorio dispone di sistemi ad alta automazione che permettono di interrogare il genoma delle cellule tumorali valutando l’effetto biologico di ogni specifica perturbazione eseguita tramite librerie di shRNA, CRISPR/CAS9 gRNA, o composti chimici. Il laboratorio, focalizzato principalmente sulle neoplasie linfoidi delle cellule B e T mature, si pone tre traguardi:

  1. identificazione di nuove alterazioni geniche e sottoclassi di pazienti attraverso l'analisi integrata di genomica, epigenomica, e profili di espressione;
  2.  validazione funzionale dei difetti patogenetici attraverso saggi funzionali sistematici; 3. progettazione di nuovi approcci terapeutici personalizzati mediante la generazione modelli di xenotrapianto derivato da paziente.

Componenti del Gruppo di Ricerca

  • Roberto Piva, Associate Professor
  • Giulia Garaffo, Postdoctoral Fellow
  • Elisa Pellegrino, Postdoctoral Fellow
  • Nicoletta Vitale, Postdoctoral Fellow
  • Elisabetta Mereu, Phd Student
  • Irene Scarfò, Phd Student
  • Maria Moscvin, MD/PhD Student
  • Elisa Bergaggio, Fellow
  • Cecilia Bandini, Fellow
  • Carlotta Duval, Graduate Student
  • Elisa Setten, Graduate Student

 

Prodotti della ricerca

Roberto Prof. Piva

  1. Crescenzo R, Abate F, Lasorsa E, Tabbo F, Gaudiano M, Chiesa N, Di Giacomo F, Spaccarotella E, Barabarossa L, Ercole E, Todaro M, Boi M, Acquaviva A, Ficcara E, Novero D, Rinaldi A, Tousseyn T, Rosenwald A, Kenner L, Cerroni L, Ponzoni M, Paulli M, Chan WC, Iqbal J, Piris MA, Ciardullo C, Rossi D, Gaidano G, Pileri S, Tiacci E, Falini B, Shultz LD, Vialard JE, Piva R, Bertoni F, Rabadan R, Inghirami G. Convergent alternations or new kinase fusions lead to oncogenic STAT3 activation in Anaplastic Large Cell Lymphoma. In Press: CANCER CELL 2015
  2. Abate F, Todaro M, van der Krogt JA, Boi M, Landra I, Machiorlatti R, Tabbò F, Messana K, Abele C, Barreca A, Novero D, Gaudiano Aliberti S, Di Giacomo F, Tousseyn T, Lasorsa E, Crescenzo R, Bessone L, Ficarra E, Acquaviva A, Rinaldi A, Ponzoni M, Longo DL, Aime S, Cheng M, Ruggeri B, Piccaluga PP, Pileri S, Tiacci E, Falini B, Pera-Gresely B, Cerchietti L, Iqbal J, Chan WC, Shultz LD, Kwee I, Piva R, Wlodarska I, Rabadan R, Bertoni F, Inghirami G; The European T-cell Lymphoma Study Group. A novel patient-derived tumorgraft model with TRAF1-ALK anaplastic large-cell lymphoma translocation. Leukemia. 2014 Dec 23. PubMed PMID: 25533804.
  3. Piva R, Deaglio S, Famà R, Buonincontri R, Scarfò I, Bruscaggin A, Mereu E, Serra S, Spina V, Brusa D, Garaffo G, Monti S, Dal Bo M, Marasca R, Arcaini L, Neri A, Gattei V, Paulli M, Tiacci E, Bertoni F, Pileri SA, Foà R, Inghirami G, Gaidano G, Rossi D. The krüppel-like factor 2 transcription factor gene is recurrently mutated in splenic marginal zone lymphoma. Leukemia. 2014 Oct 6;PubMed PMID: 25283840.
  4. Martinengo C, Poggio T, Menotti M, Scalzo MS, Ambrogio C, Mastini C, Pellegrino E, Riera L, Piva R, Ribatti D, Pastorino F, Perri P, Ponzoni M, Wang Q, Voena C, Chiarle R. ALK-dependent control of hypoxia inducible factors mediates tumor growth and metastasis. Cancer Res. 2014 Sep 5;PubMed PMID: 25193384
  5. Martinengo C, Poggio T, Menotti M, Scalzo MS, Ambrogio C, Mastini C, Pellegrino E, Riera L, Piva R, Ribatti D, Pastorino F, Perri P, Ponzoni M, Wang Q, Voena C, Chiarle R. ALK-dependent control of hypoxia inducible factors mediates tumor growth and metastasis. Cancer Res. 2014 Sep 5;PubMed PMID: 25193384
  6. Verdelli D, Nobili L, Todoerti K, Mosca L, Fabris S, D'Anca M, Pellegrino E, Piva R, Inghirami G, Capelli C, Introna M, Baldini L, Chiaramonte R, Lombardi L, Neri A. Molecular events underlying interleukin-6 independence in a subclone ofthe CMA-03 multiple myeloma cell line. Genes Chromosomes Cancer. 2014 Feb;53(2):154-67. doi: 10.1002/gcc.22127. Epub 2013 Nov 5. PubMed PMID: 24327544.
  7. Saoncella S, Tassone B, Deklic E, Avolio F, Jon C, Tornillo G, De Luca E, Di Iorio E, Piva R, Cabodi S, Turco E, Pandolfi PP, Calautti E. Nuclear Akt2 opposes limbal keratinocyte stem cell self-renewal by repressing a FOXO-mTORC1 signaling  pathway. Stem Cells. 2013 Oct 7. doi: 10.1002/stem.1565. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 24123662.
  8. Abate F, Acquaviva A, Ficarra E, Piva R, Macii E. Gelsius: a literature-based  workflow for determining quantitative associations between genes and biological processes. IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2013 May-Jun;10(3):619-31. doi: 10.1109/TCBB.2013.11. PubMed PMID: 24091396.
  9. Boi M, Rinaldi A, Kwee I, Bonetti P, Todaro M, Tabbò F, Piva R, Rancoita PM, Matolcsy A, Timar B, Tousseyn T, Rodríguez-Pinilla SM, Piris MA, Beà S, Campo E, Bhagat G, Swerdlow SH, Rosenwald A, Ponzoni M, Young KH, Piccaluga PP, Dummer R,  Pileri S, Zucca E, Inghirami G, Bertoni F. PRDM1/BLIMP1 is commonly inactivated in anaplastic large T-cell lymphoma. Blood. 2013 Oct 10;122(15):2683-93. doi: 10.1182/blood-2013-04-497933. Epub 2013 Sep 4. PubMed PMID: 24004669.
  10. Spaccarotella E, Pellegrino E, Ferracin M, Ferreri C, Cuccuru G, Liu C, Iqbal  J, Cantarella D, Taulli R, Provero P, Di Cunto F, Medico E, Negrini M, Chan WC, Inghirami G, Piva R. STAT3-mediated activation of microRNA cluster 17~92 promotes proliferation and survival of ALK positive anaplastic large cell lymphoma. Haematologica. 2013 Aug 23. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 23975180.
  11. Bonetti P, Testoni M, Scandurra M, Ponzoni M, Piva R, Mensah AA, Rinaldi A, Kwee I, Tibiletti MG, Iqbal J, Greiner TC, Chan WC, Gaidano G, Piris MA, Cavalli F, Zucca E, Inghirami G, Bertoni F. Deregulation of ETS1 and FLI1 contributes to  the pathogenesis of diffuse large B-cell lymphoma. Blood. 2013 Sep 26;122(13):2233-41. doi: 10.1182/blood-2013-01-475772. Epub 2013 Aug 7. PubMed PMID: 23926301.
  12. Peviani M, Tortarolo M, Battaglia E, Piva R, Bendotti C. Specific Induction of Akt3 in Spinal Cord Motor Neurons is Neuroprotective in a Mouse Model of Familial Amyotrophic Lateral Sclerosis. Mol Neurobiol. 2013 Jul 20. [Epub ahead of print]  PubMed PMID: 23873136.
  13. Liu C, Iqbal J, Teruya-Feldstein J, Shen Y, Dabrowska MJ, Dybkaer K, Lim MS, Piva R, Barreca A, Pellegrino E, Spaccarotella E, Lachel CM, Kucuk C, Jiang CS, Hu X, Bhagavathi S, Greiner TC, Weisenburger DD, Aoun P, Perkins SL, McKeithan TW, Inghirami G, Chan WC. MicroRNA expression profiling identifies molecular signatures associated with anaplastic large cell lymphoma. Blood. 2013 Sep 19;122(12):2083-92. doi: 10.1182/blood-2012-08-447375. Epub 2013 Jun 25. PubMed PMID: 23801630; PubMed Central PMCID: PMC3778551.
  14. Laimer D, Dolznig H, Kollmann K, Vesely PW, Schlederer M, Merkel O, Schiefer AI, Hassler MR, Heider S, Amenitsch L, Thallinger C, Staber PB, Simonitsch-Klupp  I, Artaker M, Lagger S, Turner SD, Pileri S, Piccaluga PP, Valent P, Messana K, Landra I, Weichhart T, Knapp S, Shehata M, Todaro M, Sexl V, Höfler G, Piva R, Medico E, Ruggeri BA, Cheng M, Eferl R, Egger G, Penninger JM, Jaeger U, Moriggl  R, Inghirami G, Kenner L. PDGFR blockade is a rational and effective therapy for  NPM-ALK-driven lymphomas. Nat Med. 2012 Nov;18(11):1699-704. doi: 10.1038/nm.2966. Epub 2012 Oct 14. PubMed PMID: 23064464.
  15. Tabbó F, Barreca A, Piva R, Inghirami G; European T-Cell Lymphoma Study Group. ALK Signaling and Target Therapy in Anaplastic Large Cell Lymphoma. Front  Oncol. 2012 May 11;2:41. doi: 10.3389/fonc.2012.00041. eCollection 2012. PubMed PMID: 22649787; PubMed Central PMCID: PMC3355932.
  16. Tabbò F, Ponzoni M, Rabadan R, Bertoni F, Inghirami G; European T-cell Lymphoma Study Group. Beyond NPM-anaplastic lymphoma kinase driven lymphomagenesis: alternative drivers in anaplastic large cell lymphoma. Curr Opin Hematol. 2013 Jul;20(4):374-81. doi: 10.1097/MOH.0b013e3283623c07. Review. PubMed PMID: 23673339.
  17. Peviani M, Kurosaki M, Terao M, Lidonnici D, Gensano F, Battaglia E, Tortarolo M, Piva R, Bendotti C. Lentiviral vectors carrying enhancer elements of Hb9 promoter drive selective transgene expression in mouse spinal cord motor neurons. J Neurosci Methods. 2012 Mar 30;205(1):139-47. doi: 10.1016/j.jneumeth.2011.12.024. Epub 2012 Jan 8. PubMed PMID: 22245491.
  18. Piva R, Agnelli L, Pellegrino E, Todoerti K, Grosso V, Tamagno I, Fornari A,  Martinoglio B, Medico E, Zamò A, Facchetti F, Ponzoni M, Geissinger E, Rosenwald  A, Müller-Hermelink HK, De Wolf-Peeters C, Piccaluga PP, Pileri S, Neri A, Inghirami G. Gene expression profiling uncovers molecular classifiers for the recognition of anaplastic large-cell lymphoma within peripheral T-cell neoplasms. J Clin Oncol. 2010 Mar 20;28(9):1583-90. doi: 10.1200/JCO.2008.20.9759. Epub 2010 Feb 16. PubMed PMID: 20159827.
  19. Belardo G, Piva R, Santoro MG. Heat stress triggers apoptosis by impairing NF-kappaB survival signaling in malignant B cells. Leukemia. 2010 Jan;24(1):187-96. doi: 10.1038/leu.2009.227. Epub 2009 Nov 19. PubMed PMID: 19924145.
  20. Regis G, Icardi L, Conti L, Chiarle R, Piva R, Giovarelli M, Poli V, Novelli  F. IL-6, but not IFN-gamma, triggers apoptosis and inhibits in vivo growth of human malignant T cells on STAT3 silencing. Leukemia. 2009 Nov;23(11):2102-8. doi: 10.1038/leu.2009.139. Epub 2009 Jul 23. PubMed PMID: 19626047.
  21. Battaglia F, Delfino S, Merello E, Puppo M, Piva R, Varesio L, Bosco MC. Hypoxia transcriptionally induces macrophage-inflammatory protein-3alpha/CCL-2 in primary human mononuclear phagocytes through nuclear factor (NF)-kappaB. J Leukoc Biol. 2008 Mar;83(3):648-62. Epub 2007 Dec 18. PubMed PMID: 18089854.
  22. Di Stefano P, Damiano L, Cabodi S, Aramu S, Tordella L, Praduroux A, Piva R,  Cavallo F, Forni G, Silengo L, Tarone G, Turco E, Defilippi P. p140Cap protein suppresses tumour cell properties, regulating Csk and Src kinase activity. EMBO J. 2007 Jun 20;26(12):2843-55. Epub 2007 May 24. PubMed PMID: 17525734; PubMed Central PMCID: PMC1894765.
  23. Primo L, di Blasio L, Roca C, Droetto S, Piva R, Schaffhausen B, Bussolino F. Essential role of PDK1 in regulating endothelial cell migration. J Cell Biol. 2007 Mar 26;176(7):1035-47. Epub 2007 Mar 19. PubMed PMID: 17371830; PubMed Central PMCID: PMC2064087.
  24. Piva R, Pellegrino E, Mattioli M, Agnelli L, Lombardi L, Boccalatte F, Costa  G, Ruggeri BA, Cheng M, Chiarle R, Palestro G, Neri A, Inghirami G. Functional validation of the anaplastic lymphoma kinase signature identifies CEBPB andBCL2A1 as critical target genes.  J Clin Invest. 2006 Dec;116(12):3171-82. Epub 2006 Nov 16. PubMed PMID: 17111047; PubMed Central PMCID: PMC1636692.
  25. Piva R, Chiarle R, Manazza AD, Taulli R, Simmons W, Ambrogio C, D'Escamard V, Pellegrino E, Ponzetto C, Palestro G, Inghirami G.  Ablation of oncogenic ALK is a viable therapeutic approach for anaplastic large-cell lymphomas.  Blood. 2006 Jan 15;107(2):689-97. Epub 2005 Sep 27. PubMed PMID: 16189272; PubMed Central PMCID: PMC1895619.
Ultimo aggiornamento: 15/05/2020 11:19
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