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Bionformatica e Genomica (B&Gu)
Attività
Il Prof. Raffaele A Calogero è il PI del gruppo Bioinformatica e Genomica (B & Gu). B&Gu è un gruppo interdisciplinare costituito da biologi e bioinformatici. Il compito principale del gruppo è l'identificazione di nuovi biomarcatori per una migliore stratificazione di malattie oncologiche. La ricerca dei biomarcatori viene fatta utilizzando prevalentemente tecnonologie di sequenziamento di seconda generazione applicate a trascrittoma, miRnoma e genoma .
In particolare il nostro gruppo sta caratterizzando l'intero trascrittoma di esosomi circolanti nel plasma di pazienti con CLL, MBL e AML. Inoltre siamo attivamente impegnati nella validazione ed ottimizzazione di workflow di RNAseq e nello sviluppo di nuove pipelines per l'analisi integrata di dati genomici e trascrittomici nello studio della resistenza a chemioterapici.
In breve, stiamo raccogliendo dati di exome-seq, mRNA/miRNA-seq, MeDIP-seq da CLL/AML sia prima della chemioterapia che sui cloni resistenti sviluppatisi come conseguenza del trattamento chemioterapico. Metilazione, SNP, Indel, proteine chimeriche, proteine tronche, eQTL,mRNA editing, interruzione dei circuiti mRNA/miRNA, vengono memorizzati in un database relazionale. I dati di cui sopra sono stratificati su reti di interazione proteina-proteina, pathways funzionali e bersagli farmacologici. I dati vengono poi modellati per l'identificazione di pathways specifici della resistenza e per disegnare protocolli di trattamento capaci di attaccare in modo specifico i cloni resistenti.